1949年初，东江市解放前夕。
中共地下党员黄显才突然叛变，保密局东江站的特务们在站长冷铁新的带领下倾巢而出，直扑中共地下党接头地点。
情况万分危急，卧底保密局的中共地下党刘啸尘临危不惧，巧施计谋，冒着暴露身份的危险，击毙冷铁心，接头的地下党员老周顺利脱险。
刘啸尘受伤住院，他的行为虽然未露破绽，却受到保密局侦防科科长杨玉林的怀疑。
冷铁新意外身亡，老牌特务张仲年紧急上任，担任东江站新站长。
保密局的枪声剧照
在安葬冷铁新的葬礼上，杨玉林与刘啸尘大打出手，令张仲年非常恼怒，为威慑中共地下党，张仲年大开杀戒，在葬礼上命手下枪杀数名中共党员和爱国人士，刘啸尘面临考验，幸亏特务余云禄开枪走火，刘啸尘侥幸过关。
东江市一时血雨腥风……
张仲年命令严密监控刘啸尘，同时欲通过黄显才一举摧毁东江中共地下党。如何与中共地下党紧急联络尽快除掉叛徒，刘啸尘备感压力!
保密局的枪声第2集剧情介绍张仲年趁热打铁，以黄显才为饵，密捕东江中共地下党员。积极的红色资本家华丰银行董事长岳中盛接到地下党最高负责人指示，转告刘英尽快铲除叛徒，以免对党组织造成更大的危害。
而刘啸尘在严密监控之下，几乎寸步难行。
忍无可忍的老王和老周，贸然采取行动除掉黄显才，却被张仲年反制。危急时刻，住院中的刘啸尘冒着生命危险，紧急营救，但无力回天，老王壮烈牺牲，老周被捕。
东江的地下党活动几乎陷于停滞。
被严密监控的刘啸尘先发制人，向张仲年提出辞职，张仲年假意安抚。
张仲年突然拜访时任华丰银行董事长的岳中盛，出示岳中盛多年前的自首书要挟。无奈，岳中盛允诺与张仲年合作，内心焦虑不安。
为考察刘啸尘是敌是友，张仲年安排刘啸尘审讯被捕的老王，然而，刘啸尘从容不迫，老王大义凛然，张仲年计划落空。
虽然表面答应帮助张仲年清除东江地下党组织，岳中盛却在苦苦思索脱身之计
保密局的枪声第3集剧情介绍张仲年约见岳中盛，要求他在将举行的华丰银行贵宾团的舞会上安排地下党接头，由黄显才指认，将中共地下党员一网打尽。岳中盛假意应允。
岳中盛自紧急联系刘英出席酒会，务必铲除叛徒黄显才。
虽然对刘啸尘他的忠诚度不无怀疑，但他的才干也让张仲年非常欣赏。张仲年指示杨玉林密切监视刘啸尘的一举一动。
刘英千方百计与刘啸尘接头，岳中盛告诉刘啸尘尽快拿到保密局破坏东江的计划---暗香浮动2号，而且必须是原始文件，不得拆开。
华丰银行贵宾团的舞会如期召开，张仲年率手下张网以待。
酒会上，灯红酒绿中，双方剑拔弩张。
岳中盛在众宾客间来回周旋，招待客人，刘啸尘、假扮宾客的中共地下党刘英、杜四等翩翩起舞，张仲年冷眼旁观。
时间流逝，一切正常，张仲年不禁心生疑惑。杨玉林带黄显才突然而至，指认舞厅中的中共地下党员，形势危急，张仲年突遭不明身份的枪手刺杀，混乱中，双方爆发枪战，刘英与刘啸尘配合无间，顺利除掉了叛徒黄显才。
终于，张仲年明白，岳中盛绝不会轻易配合自己。他命手下全面监控岳中盛。
保密局的枪声第4集剧情介绍保密局东江站上下士气受挫，张仲年迫切需要重振军心。
这一天，张仲年夜访岳中盛，警告他他的一举一动都在保密局的监视之下，必须毫无条件地与自己合作，否则，岳中盛的女儿的性命难保。对自己的生死已置之度外的岳中盛最担心的莫过于女儿岳小姗和侄女姜慧的安危。
岳中盛在报纸上刊登广告与地下党联络，却意外被杨玉林截获。经程菲破解，广告为中共地下党的联络信件，张仲年大喜过望，派杨玉林将东江报社的地下党联络点一举端掉，保密局上下士气为之一振。 无奈之下，岳中盛不得不启用新的联络点——理发店。
程菲和刘啸尘以记者名义前往东江大学调查岳小姗的情况，不料，两人的假身份被岳小姗和姜慧识破。
舞会上刺杀张仲年的蒙面杀手冯宾正是岳中盛暗中指使。冯宾找到岳中盛，退回刺杀张仲年的酬金，令岳中盛大为不解。原来，冯宾意外发现，张仲年竟然是自己不共戴天的仇人。冯宾再次出手，却险些被老奸巨滑的张仲年活捉。
张仲年说服自己的学生兼情人程菲紧密接触刘啸尘，希望以美人计揭穿刘啸尘的身份之谜。
