由于母乳中含有大量脂肪，所以吸奶器使用过后容易残留大量的油脂，不仅容易滋生细菌也影响下次使用。所以吸奶器的消毒方式很多妈妈们也比较关注。
吸奶器的可消毒部件有：喇叭罩、软管、接乳奶瓶、连接器、防溢出阀，这些配件要求每次使用后都要擦拭，并用热水清洗，大部分部件也可以放入水中煮沸消毒，但要注意煮沸时间控制在5分钟内最好，以免变形影响使用。而微波炉消毒和蒸汽消毒不适用于个别部件，不做推荐。
对于吸奶器的消毒，主要部件也可以通过在开水中煮沸消毒。具体部件妈妈们要注意查看说明书，由于吸奶器的使用频率相对很高，所以无需每次使用后都进行消毒。过度消毒和清洗易造成配件过早老化，缩减吸奶器的使用寿命。所以建议最好的方法是每次使用后用热水清洗，每天消毒一次即可。
