先天性输卵管堵塞是由输卵管发育缺陷造成的，在输卵管堵塞的病例中极为少见，一般表现为输卵管先天病变、纤细扭曲，或者输卵管功能障碍等。
1、输卵管缺失
（1）一侧输卵管缺失与单角子宫同时存在，因胚胎早期一侧苗勒氏管未能形成所致。
（2）真两性畸形有睾丸或卵睾侧可能不形成输卵管。因在胚胎分化早期睾丸组织的支持细胞受H-Y抗原的影响，产生抗苗勒氏管因子，使同侧苗勒氏管不能形成或抑制其分化发育。
（3）双侧输卵管缺失，多数与先天性无子宫或仅有残遗子宫畸形并存。因为双侧苗勒氏管未形成或发育受阻有关系。
2、输卵管发育不良
输卵管细长，肌层薄弱，收缩力差，对精子，卵子或受精卵运送迟缓，容易发生不孕或异位妊娠。输卵管部分缺失或无管腔的实性输卵管。
3、双输卵管或副输卵管
双侧或单侧双输卵管，可能都通入宫腔，也可能有一条较细小不通宫腔称为副输卵管，原因不清。在胚胎发育中副中肾管穿破形成多口输卵管。
4、输卵管憩室
输卵管憩室较易发生在壶腹部。容易发生输卵管妊娠。
