清洁奶瓶之后，一定要持续进行消毒，才能彻底消灭细菌、病毒。无论妈妈使用传统水煮消毒，或蒸气式消毒锅、紫外线消毒锅，消毒前一定要先将奶瓶拆开、彻底清洁，并且避免因使用方式不当、机器耗损等因素，形式消毒上的漏洞。每日消毒的次数则依奶瓶准备数量、宝宝使用数量而决定，一般约为1～2次。清洁完奶瓶之后，就要进行消毒了，一般婴儿奶瓶的消毒方式，可以分为煮沸法及蒸汽锅消毒法，其消毒方式及步骤如下：
A.煮沸消毒法
1、准备一个不锈钢的煮锅，里面装满了冷水，水的深度，要能完全覆盖所有已经清洗过的喂奶用具。玻璃奶瓶可与冷水一起放入锅中，等水烧开后5～10分钟再放入奶嘴、瓶盖等塑胶制品，盖上锅盖再煮3～5分钟后关火，等到水稍凉后，再用消毒过的奶瓶夹取出奶嘴、瓶盖，待干了之后再套回奶瓶上备用。若是塑胶的奶瓶，则要等水烧开之后，再将奶瓶、奶嘴、奶瓶盖一起放入锅中消毒，约再煮3～5分钟即可。
B.蒸气锅消毒法
目前市面上有多种功能、品牌的电动蒸汽锅，家长可以依照自己的需要来选择，消毒的方式只霭要遵照说明书操作，就可以达到消毒喂奶用具的目的。但需注意的是，使用蒸汽锅消毒前，仍先将所有的奶瓶、奶嘴、奶瓶盖等物品彻底清洗干净，然后再一起放入，按上开关，待其消毒完毕，会自动切断电源。
将清洗后的奶瓶盛上清水放入微波炉，打开高火10分钟即可。切不可将奶头及连接盖放入微波炉，以免变形、损坏。
