坚硬的芡实壳不能食用，所以在煮芡实前我们必须把壳去掉。一般家庭日常食用时，如果买到的新鲜芡实较为嫩，可以直接用手指剥壳，不过为了避免手指收到伤害，最好还是买一个专门用于剥壳的小指套。现在市面上有专门剥芡实壳的小指套，费用低又方便实用，戴在手指上，用尖的一头在壳上轻划一下，壳剥开了，芡实就自然的掉落下来。
如果是农场大量种植时，芡实去壳的方式分为手工去壳和机器去壳两种。
传统的方法是是将果实摊于打谷场上，先用木杵连续敲打，使果壳出现裂痕并破碎，然后再装入筐篓内用脚踩，让种子外部的薄膜自然脱落，裂出种子，用水淘净后晒干即是可食用的芡实。
或者把采收的果实堆成大堆，用草覆盖10天左右，果壳和种皮会因为闷热而沤烂，这时候扒开大堆，把种子洗干净晒干。晒干后先放在火上翻炒一遍再用碾子或石磨磨去种皮硬壳。磨时要注意将磨心垫高，避免将种仁也磨碎。磨后用扇车或簸箕除去壳皮及杂质，或倒入水中，捞掉浮上来的外壳，再将种仁捞起晒干，得到的就是芡实。
随着工业时代的来临，传统额手工去壳方式被人们抛弃，方便的机器去壳受到了芡实种植户的青睐。芡实剥壳机一般采用旋转式剥壳方法，既能快速使壳肉分离又不伤害到芡实肉，体积小，操作简单，节省了大量的加工时间，适合家庭加工作业。所以，现在很多芡实种植户加重都会备有一台剥壳机。
