好的益生菌必须具备3个标准：
1、益生菌是活的，具有很强的活性。 2、活的益生菌的数量（成年人需要补充10亿株/天，婴儿需要补充5亿株/天）3、该益生菌是否有保健作用（目前经过美国食品药品监督管理局FDA认定的就10种益生菌有保健作用，其中长双歧杆菌和嗜酸乳杆菌的组合配方就是FDA通过的配方目录。FDA是目前世界上要求最严、标准最高的药检局）。
好的益生菌产品必须能耐高温、耐酸等环境。益生菌多为厌氧菌，不耐酸、高温（不能高于40度）和碱性环境，对外界环境极为敏感，在加工、运输、存储过程中稳定性差易失活，丧失功能。另外，益生菌若要对人体产生有益作用，必须先通过胃环境才能达到肠道，但在胃酸和胆汁的作用下，大部分益生菌会死亡，最终使得体内没有足够的益生菌发挥作用，达不到保健和治疗的目的，所以很多益生菌产品要求在饭前服用（饭前胃酸相对较少，饭后胃酸会增多）。
活性菌才起保健作用
中国乳品行业协会理事长王丁棉指出，含有益生菌的酸奶或乳酸菌饮料，其起保健功能的主要是在“活”性菌。但是，这些“活”性菌在人体喝了之后，有多少量的菌能存活到进入大肠并定居下来？它的“活”是在什么温度、时间段里能保存下来，就很有考究。
据介绍，含有益生菌的饮品被人体喝下后，它需经过胃液才能到达大肠，而胃液是一个高酸环境，部分益生菌缺乏耐酸性，难以抵抗胃液的强酸作用，根本无法到达肠道发生作用。那么，怎样保证更多的活性菌能“活”着到达大肠呢？这除了要菌种质量外，菌量也是很需要的。因此，根据国际标准，要求活性菌乳酸饮料在成品时，需内含1×107，目前我国的标准是稍低的，只要求1×106。
其次，益生菌要保持活性，对其保质期、保存条件也是有要求的，否则，即使在出厂时活菌数量达到标准，但在运输销售以及储藏过程中也会打折扣。一般来说，活性乳酸菌饮品的保质期规定最长不超过1个月，时间太长，“活”性将降低；保存温度应是在低温，4℃-7℃。。
